A administração da PUCPR é exercida pelas seguintes autoridades ou órgãos:
Grã-Chancelaria
Conselho Universitário (CONSUN), composto pelas Câmaras: CAPEP, CAMGRAD, CAEX
Conselho Administrativo Financeiro (CONAF)
Reitoria
Conselho de Desenvolvimento (CONDES)
Conselho Acadêmico
Decanato
Colegiado de curso
Coordenação de curso
Conselho Acadêmico
Diretoria
Colegiado de curso
Coordenação de curso
E na ADMINISTRAÇÃO DOS INSTITUTOS, NÚCLEOS E ÓRGÃOS SUPLEMENTARES, pelas coordenações e pelos decanatos.