A estrutura de pesquisa do PPGTU pode ser resumida na seguinte cadeia de relações (do geral ao específico): área de concentração em gestão urbana, a qual se vinculam as três linhas de pesquisa (e respectivos grupos de pesquisa), que abrigam projetos de pesquisa coordenados pelos docentes, aos quais se vinculam teses, dissertações e pesquisas de iniciação científica, e aos quais se relacionam as disciplinas obrigatórias e eletivas. E, finalmente, os projetos de pesquisa são reunidos de forma transversal nos “temas estruturantes”, que contém o DNA temático do PPGTU, conforme a figura abaixo.